มีประวัติศาสตร์อันยาวนาน ปรากฏในตำนานพื้นเมืองเชียงใหม่และพงศาวดารโยนก หลังจากที่พญางำเมือง พ่อขุนรามคำแหงมหาราชและพญามังรายทรงสร้างเมืองเชียงใหม่ในปี พ.ศ. 1839 ทั้ง 3 พระองค์โปรดให้สร้างเจดีย์ และพญามังรายทรงประทับชั่วคราวในระหว่างควบคุมการสร้างเมือง ตรงหอนอนบ้านเชียงมั่น เรียกว่า "เวียงแก้ว" ทรงอุทิศตำหนักคุ้มหลวงเวียงเหล็ก ตั้งเป็นพระอารามหลวงแห่งแรกและพระราชทานนามว่า "วัดเชียงมั่น" จากนั้นคาดว่าเจดีย์พังลงมาในสมัยพระเจ้าติโลกราช (ครองราชย์ พ.ศ. 1985 - 2031) พระองค์จึงโปรดให้สร้างเจดีย์ใหม่ ทำด้วยศิลาแลง เมื่อปี พ.ศ. 2014

เมื่อเชียงใหม่ตกเป็นเมืองขึ้นของพม่า ในปี พ.ศ. 2094 วัดเชียงมั่นจึงถูกปล่อยร้าง จนปี พ.ศ. 2101 เจ้าฟ้ามังทรา (สมเด็จพระมหาธัมมิกะราชาธิราช) แห่งพม่า บูรณปฏิสังขรณ์วัดเชียงมั่นขึ้นมาอีกครั้งหนึ่ง โดยโปรดให้สร้างเจดีย์ วิหาร อุโบสถ หอไตร ธัมมเสนาสนะกำแพง และประตูโขง มีพระมหาหินทาทิจจวังสะเป็นเจ้าอาวาสเมื่อถึงสมัยพระเจ้ากาวิละครองเมืองเชียงใหม่ (พ.ศ. 2324–2358)

ต่อมาพระพุทธศาสนาแบบธรรมยุกนิกายเผยแผ่เข้ามาในอาณาจักรล้านนา เจ้าอินทวโรรสสุริยวงษ์จึงนิมนต์พระธรรมยุตมาจำพรรษาอยู่ แต่ได้ย้ายไปอยู่วัดหอธรรมและวัดเจดีย์หลวงวรวิหารตามลำดับในภายหลัง#วัดเชียงมั่น