เพื่อเก็บแตงโมให้คงความสดและเก็บได้นานขึ้น ควรเลือกแตงโมที่มีผิวเปลือกแข็งและไม่มีรอยช้ำ ก่อนนำไปเก็บ ควรล้างทำความสะอาดเบาๆ และเช็ดให้แห้งสนิท เพื่อป้องกันการเน่าเสียจากความชื้น เมื่อเก็บแตงโมควรวางในที่ร่มและมีอากาศถ่ายเทสะดวก เช่น ในตู้เย็นหรือในที่เย็น ไม่ควรวางไว้ใต้แสงแดดโดยตรง เพราะจะทำให้แตงโมสุกและเน่าเร็วขึ้น สำหรับการเก็บแตงโมที่ยังไม่หั่น ควรหลีกเลี่ยงการวางซ้อนกันเพราะจะทำให้เกิดรอยช้ำและลดความสดใหม่ เมื่อแตงโมถูกหั่น ควรใช้พลาสติกแรปหรือภาชนะปิดมิดชิดเพื่อป้องกันไม่ให้แตงโมแห้งและดูดกลิ่นจากของอื่นในตู้เย็น จากประสบการณ์ของผู้ที่ปลูกแตงโมจริง จะเห็นว่าแตงโมที่เก็บด้วยวิธีนี้จะยังคงความหวานฉ่ำ สีสดใส ไม่เสียเร็ว และสามารถเก็บได้นานถึง 1 สัปดาห์ในตู้เย็นโดยที่รสชาติยังดีอยู่ นอกจากนี้การตั้งอุณหภูมิในตู้เย็นที่ประมาณ 10-12 องศาเซลเซียสเหมาะสำหรับการรักษาคุณภาพของแตงโมมากที่สุดครับ