จากประสบการณ์ส่วนตัวในการเลี้ยงปลาในบ่อโดยไม่ใช้จุลินทรีย์ พบว่าการควบคุมคุณภาพน้ำและความสะอาดของบ่อนั้นเป็นเรื่องสำคัญอย่างมาก ถ้าไม่มีจุลินทรีย์ช่วยย่อยสลายของเสียในน้ำ เช่น ซากอาหารหรือมูลปลา สารอินทรีย์เหล่านี้อาจส่งกลิ่นเหม็น และทำให้น้ำเน่าเสียเร็วขึ้น หากไม่มีการจัดการที่เหมาะสม ปลาอาจป่วยได้ง่าย ระบบกรองที่ดีจึงต้องมีการเปลี่ยนถ่ายน้ำอย่างสม่ำเสมอ รวมทั้งทำความสะอาดระบบกรองและบ่อน้ำ เพื่อช่วยลดของเสียในน้ำ แต่ต้องยอมรับว่าการไม่ใช้จุลินทรีย์นั้นจะเพิ่มภาระการดูแลมากขึ้นกว่าปกติ เพราะจุลินทรีย์มีบทบาทช่วยปรับปรุงคุณภาพน้ำและฟื้นฟูบ่อปลาอย่างเป็นธรรมชาติ สำหรับผู้เริ่มต้นหรือมือใหม่ที่สนใจเลี้ยงปลาโดยไม่ใช้จุลินทรีย์ ควรหมั่นตรวจสอบค่าคุณภาพน้ำ เช่น ค่าออกซิเจน ความเป็นกรด-ด่าง รวมถึงสังเกตอาการผิดปกติของปลาอย่างใกล้ชิด รวมทั้งเลือกใช้ระบบกรองน้ำที่เหมาะสม และควรมีแผนการเปลี่ยนถ่ายน้ำอย่างสม่ำเสมอ เพื่อรักษาสภาพแวดล้อมในบ่อตามธรรมชาติให้ดีขึ้นอย่างต่อเนื่อง