จากประสบการณ์ในการดูแลระบบกรองชีวภาพสำหรับฟาร์มปลา สิ่งสำคัญคือการรักษาสมดุลของแบคทีเรียดีในกรองอย่างเคร่งครัด เพราะแบคทีเรียเหล่านี้ช่วยย่อยสลายของเสียและรักษาคุณภาพน้ำในบ่อได้ดีมาก หลายคนอาจเข้าใจผิดว่าควรล้างกรองบ่อยเพื่อให้สะอาด แต่จริง ๆ แล้วการล้างแรงหรือล้างบ่อยเกินไปกลับเป็นการฆ่าแบคทีเรียดี ซึ่งส่งผลเสียต่อระบบโดยรวม ทำให้กรองเสียสมดุลและระบบกรองพังได้ง่าย การใช้น้ำประปาล้างกรองก็มีข้อควรระวัง เพราะน้ำประปาอาจมีสารคลอรีนหรือสารเคมีที่เป็นอันตรายต่อแบคทีเรียดี แนะนำว่าเมื่อจำเป็นต้องล้างกรองควรใช้น้ำจากบ่อหรือเทคนิคที่ช่วยลดผลกระทบต่อลักษณะจุลินทรีย์ สำหรับผู้ที่ใช้ระบบ RAS หรือระบบกรองปลาแบบบ่อผ้าใบ สิ่งเหล่านี้ยิ่งต้องระวัง เพราะระบบที่ดีจะขึ้นอยู่กับสมดุลของระบบและกรองชีวภาพที่แข็งแรง ฟาร์มมืออาชีพจึงไม่ล้างกรองมั่ว แต่จะมีการตรวจสอบและทำความสะอาดอย่างเหมาะสม การดูแลรักษากรองชีวภาพอย่างถูกวิธีไม่เพียงทำให้ปลานิลและปลาเศรษฐกิจอื่น ๆ เติบโตได้ดี แต่ยังช่วยประหยัดต้นทุนและเพิ่มผลผลิตในระยะยาวด้วย การรักษาความสมดุลในระบบกรองคือหัวใจสำคัญของฟาร์มปลาในยุคเกษตรสมัยใหม่