การเก็บรักษาหม้อแม่จูนนั้นสำคัญมากเพื่อรักษารสชาติและความปลอดภัยของอาหาร โดยปกติหม้อแม่จูนสามารถเก็บในตู้เย็นได้นานประมาณ 3 วัน ซึ่งเหมือนกับประสบการณ์ที่ลองซื้อมาหนึ่งหม้อกินได้ทั้งสามวันโดยไม่เสียรสชาติ แต่หากต้องการเก็บไว้นานกว่านั้นควรแบ่งใส่กล่องและแช่แข็งเพื่อยืดอายุการใช้งานมากขึ้น การเก็บในตู้เย็นควรใช้ภาชนะที่มีฝาปิดมิดชิดหรือนำหม้อแม่จูนไปใส่กล่องพลาสติกที่สามารถปิดสนิทได้ และควรอุ่นด้วยเตาไมโครเวฟหรือหม้อไฟก่อนรับประทานทุกครั้งเพื่อความอร่อยเหมือนทำสดใหม่ จากประสบการณ์ส่วนตัว การรักษาความสะอาดภาชนะบรรจุและหลีกเลี่ยงการเปิดฝาหม้อบ่อยๆ จะช่วยยืดอายุอาหารได้ดีขึ้น นอกจากนี้ หากเก็บไว้เกิน 3 วัน รสชาติและเนื้อสัมผัสอาจเปลี่ยนไป จึงแนะนำให้วางแผนรับประทานให้หมดภายในระยะเวลานี้เพื่อความอร่อยที่ดีที่สุด สุดท้าย อย่าลืมดูและตรวจสอบกลิ่นและลักษณะของหม้อแม่จูนก่อนรับประทานทุกครั้ง หากมีกลิ่นเปรี้ยวหรือมีเชื้อราปรากฏ ควรทิ้งทันทีเพื่อความปลอดภัยของสุขภาพค่ะ