จากประสบการณ์ใช้งาน Doxycycline สำหรับป้องกันโรคฉี่หนู พบว่าการรับประทานยาในขนาด 200 มก. เพียงครั้งเดียว ช่วยยับยั้งเชื้อในช่วงระยะฟักตัว ซึ่งปกติใช้เวลาประมาณ 5-14 วัน การให้ยาควรได้รับโดยเร็วที่สุดหลังสัมผัสกับน้ำท่วม เพื่อประสิทธิภาพสูงสุด สำหรับการครบรับยาควรดื่มน้ำตามมากๆ อย่างน้อย 500 มล. และไม่ควรนอนราบภายใน 2 ชั่วโมงหลังการกินยา เพื่อช่วยลดอาการข้างเคียง เช่น คลื่นไส้และอาเจียน นอกจากนี้หญิงตั้งครรภ์และหญิงให้นมบุตร ควรปรึกษาแพทย์ก่อนใช้ยา และหากมีอาการแพ้ยา ต้องงดใช้ทันที งานวิจัยในไทยชี้ว่ากลุ่มผู้ประสบอุทกภัยที่มีแผลฉีกขาด เมื่อรับ Doxycycline พบว่าป้องกันโรคฉี่หนูได้สูงถึง 95.6% ซึ่งแสดงให้เห็นถึงความสำคัญของการใช้ยาตามคำแนะนำอย่างเคร่งครัดเพื่อป้องกันโรคนี้ได้อย่างมีประสิทธิภาพ