การเก็บแตงโมหลังจากเก็บเกี่ยวเป็นขั้นตอนสำคัญที่ช่วยรักษาคุณภาพและรสชาติของผลไม้ให้อร่อยสดใหม่เหมือนเพิ่งเก็บจากสวน เลือกแตงโมที่สุกพอดี หรือมีจุดสีเหลืองที่ฐานซึ่งบ่งบอกว่าสุกเต็มที่แล้ว การเก็บรักษาแตงโมในที่ร่มและอุณหภูมิที่เหมาะสมจะช่วยยืดอายุผลไม้ได้เป็นอย่างดี เมื่อเก็บแตงโมมาแล้ว ควรหลีกเลี่ยงการวางไว้ในที่มีแสงแดดโดยตรงหรืออุณหภูมิสูง เพราะจะทำให้เนื้อแตงโมเสียความสดและหวานลดลง หากต้องเก็บในระยะเวลานาน แนะนำให้แช่เย็นเพื่อรักษาความชุ่มชื้นและคุณภาพของแตงโมไว้ได้อย่างดีที่สุด นอกจากนี้ การห่อแตงโมด้วยผ้าขาวบางหรือกระดาษคราฟต์ก่อนเก็บในตู้เย็นยังช่วยป้องกันความชื้นและกลิ่นจากผลไม้อื่นๆ ทั้งนี้ ผู้ปลูกแตงโมควรสังเกตรอยแตกหรือจุดเสียที่อาจเกิดขึ้นในช่วงเก็บเกี่ยว เพื่อคัดเลือกผลไม้ที่สมบูรณ์สำหรับการเก็บรักษาต่อไป การรู้จักดูแลและเก็บแตงโมอย่างถูกวิธี ไม่เพียงแต่ช่วยรักษาคุณภาพและรสชาติให้ดีเท่านั้น แต่ยังช่วยเพิ่มความภูมิใจให้กับผู้ที่ปลูกเองได้พบประสบการณ์ผลผลิตที่ดีที่สุดของตนเองอีกด้วย