อุทยานแห่งชาติคลองวังเจ้า มีพื้นที่ครอบคลุมถึง 2 จังหวัด ได้แก่ อำเภอวังเจ้า จังหวัดตาก และอำเภอคลองลาน จังหวัดกำแพงเพชร โดยพื้นที่ส่วนใหญ่ของอุทยานฯ ตั้งอยู่ในเขตป่าสงวนแห่งชาติ